Otro de los atractivos que encierra El Torcal es, sin duda, su rica flora y fauna. En su paisaje conviven las encinas, quejigos, serbales o arces con las plantas que crecen en las grietas de las rocas, embelleciéndolas aún más si cabe.
En cuanto a la fauna, uno de los valores más notables de El Torcal es la presencia de aves, por lo que se le considera una zona especial para su protección. Entre ellas, cabe mencionar el águila real, el buitre leonado, el búho real o el halcón peregrino. En lo referente a los mamíferos, es habitual la presencia de topillos, que se detectan fácilmente en las dolinas. De más difícil localización son el zorro, el tejón, la comadreja y la cabra montés. Tampoco faltan en este hábitat reptiles y una gran variedad de invertebrados, en su mayoría insectos.